Çakra sistemi Hint kökenli olup, başlangıçta Mikao Usui tarafından kullanılmamıştır.O dönemde tarama (byosen) yöntemi ile şifa uygulamaları yapılmakla birlikte  daha sonra, enerji çalışmaları altyapısı olmayan insanların Reikiyi daha kolay kullanmaları amacıyla, el pozisyonlarına çakra bölgeleri eklenmiştir.

Günümüzde standart uygulamada reiki enerjisi çakraların olduğu bölgelerden verilir.Aynı zamanda Çarka Dengelemesi uygulamasıyla çakraların birbirleriyle uyumlu çalışmaları sağlanır.

Çakraların kapalı olması mümkün değildir sadece dönüş yönü veya enerji çekiş yoğınluğunda değişiklikler olabilir.Bunlar uzun süreli olabileceği gibi günlük değişimler de gösterebilir.Bir kişinin çakrasını açtırması veya daraltması Usui reiki uygulaması içinde yer almaz.Çünkü Usui Reiki, “kişinin ve bütünün en yüksek hayrına” olacak şekilde şifalandırır.Bu da demektir ki, reiki uygulayarak çakraların çalışmasını ancak” kendi hayrımıza olacak” şekilde düzenleyebiliriz ki bu da en doğru uygulamadır.Üzerinde çalıştığımız çakranın bizim hayrımıza olacak şekilde çalışmasına niyet etmek daha dorgudur ve reiki uygulamaları bu şekilde yapılır.